山东大学药学院肇始于齐鲁大学药科，1920年，英国传教士裴维廉博士（Willim.P.Pailing）在齐鲁大学创办药学专修科并担任主任，学制二年，隶属医学系，是我国最早开展药学教育的综合性高等院校之一。抗战期间，齐鲁大学西迁至四川成都。1941年，齐鲁大学设立药学系，学制四年，隶属理学院，薛愚教授担任首任药学系主任（1941—1944年）。1951年1月，人民政府接管齐鲁大学，当时药学系在校学生72人。

1947年5月，华东白求恩医学院（其前身为建立于1944年的新四军军医学校）在胶东各县市首次招收药科学员60人。1948年9月，济南解放。1948年11月，学校在济南招收新生499名，其中附设药科两个班163名。其后，华东军区卫生部领导的药科学校学员196人前来济南并入该院药科。1950年9月，学校设立药学专修科，招收高中毕业生，学制二年。同年12月，学院改名为山东医学院。

1952年9月全国高等学校院系调整时，齐鲁大学被撤销，药学系师生并入华东药学院（1956年易名南京药学院），其医学院与山东医学院合并，定名为山东医学院。合并后，学校设有医学系、卫生系及药科。药科下设5个教研室。1953年，药科开始招收本科生，学制四年。1954年改为药学系。

1955年3月，国家再次进行高等学校院系调整时，山东医学院停办药学系，除保留医学系上课所需师资外，药学系其余教师分别调至北京医学院、四川医学院、东北药学院。

1971年3月山东医学院恢复药学专业招生。1972年11月改为药学系。1985年5月，山东医学院更名为山东医科大学。1997年12月，药学系升格为药学院。

2000年7月，原山东大学、山东医科大学、山东工业大学三校合并组建新的山东大学，山东医科大学药学院改为山东大学药学院。