山东大学药学院始建于1920年,其前身是齐鲁大学药科,由英国传教士裴维亷博士(Willim.P.Pailing)创办药学专修科并担任主任,学制二年,隶属医学系,是我国最早开展药学教育的综合性高等院校之一。1941年,迁至四川成都的齐鲁大学设立药学系,学制四年,隶属理学院,薛愚教授担任首任药学系主任(1941-1944年)。1951年人民政府接管齐鲁大学,当时药学系在校生72人。1952年9月全国高等学校院系调整,齐鲁大学被撤销,药学系师生并入华东药学院(1956年易名南京药学院)。齐鲁大学医学院与山东医学院合并为新山东医学院设药学系。1953年开始招收本科生,学制四年。1955年国家再次进行高等学校院系调整,山东医学院停办药学系,除药剂学教研组教师调至北京医学院药学系外,其他师生均调至四川医学院药学系;中级药剂士班并入东北药学院附属中级药剂学校。
1971年3月3日山东医学院在泰安楼德恢复招生,学制三年,四大队为药学连。1972年11月山东医学院药学系成立。1973 年底迁回济南。1977年恢复高考药学本科开始招生。1985年5月更名山东医科大学药学系。1997年12月山东医科大学成立药学院。2000年7月山东大学、山东医科大学、山东工业大学合校后改称山东大学药学院。
药学学科为山东大学“211工程”和“985工程”重点建设学科, 2016年药学学科列为山东大学“学科高峰计划”特色学科,2017年列入山东大学“双一流”建设学科群。
山东大学药学学科门类齐全,具有药物研发各环节的良好学科基础,在教育部全国高校第四轮学科评估中进入A类学科,在2021年软科中国大学专业排名全国第8位,药学学科入选山东省“高峰学科”。药理学与毒理学学科在ESI全球排名第70位,进入前0.7‰;U.S.News2021年全球排名第91位。药物化学学科2021年CWUR世界大学排名全球第9位。
本科设药学、制药工程、临床药学三个专业。于2003年设立博士后科研流动站,拥有药学一级学科博士学位授予点(设有7个二级学科博士点,10个二级学科硕士授予点)、制药工程领域工程硕士及药学硕士2个专业学位授予点和生物医药领域工程博士授予点。拥有二个国家级“药学专业学位研究生培养示范基地”。